تسعى النقابة إلى تحقيق عدة أهداف، منها: حماية مصالح الأعضاء والدفاع عن حقوقهم المهنية، رفع الكفاءة المهنية للأعضاء والارتقاء بمستواهم الفني والثقافي، المشاركة مع الجهات المختصة في وضع مشروعات القوانين أو القرارات ذات العلاقة بالمهنة الطبية، تطوير العلاقات مع النقابات الطبية الأخرى المحلية والعربية والدولية، والمساهمة الإيجابية في نشر الوعي الصحي والارتقاء بصحة المجتمع وقايةً وعلاجًا.